<div id="myModal" class="modal fade" tabindex="-1" role="dialog" aria-hidden="true">
...
<select id="mySelect2">
...
</select>
...
</div>
...
<script>
$('#mySelect2').select2({
dropdownParent: $('#myModal')
});
</script>
부트스트랩 모달이 포커스를 뺏어가서 발생한다고 한다. dropdownParent를 통해 모달을 지정해주면 된다.